O clima na Patagônia é um fator muito importante a considerar. A temperatura máxima chega a 20 C° no verão e cai para 0° no inverno. A sensação térmica que o vento às vezes produz faz com que a temperatura ambiente caia de 6 a 7 graus. A água normalmente tem temperaturas entre 4 a 5 graus Celsius.
Embora seja possível visitar o parque durante todo o ano, recomenda-se fazê-lo entre outubro e abril, quando poderá desfrutar de dias com mais de 16 horas de luz, ensolarados e com menos chuva. Na época baixa, é provável que muitos serviços sejam encerrados, embora a menor afluência de turistas possa ser uma mais-valia para quem procura maior tranquilidade na sua viagem.