El clima en Patagonia es un factor muy importante a considerar. La temperatura máxima alcanza los 20 C° en verano y desciende los 0° en invierno. La sensación térmica que a veces produce el viento, hace que la temperatura ambiental caiga de 6 a 7 grados. El agua presenta normalmente temperaturas de entre los 4 a 5 grados Celsius.
Si bien es posible visitar el parque durante todo el año, se recomienda hacerlo entre octubre y abril, cuando se puede disfrutar de días con más de 16 horas de luz, soleados y con menos lluvias. En temporada baja, es probable que muchos servicios se encuentren cerrados, aunque la menor afluencia de turistas puede ser un punto a favor para quienes busquen mayor tranquilidad en su viaje.